序幕
1998年，阿科雷山区发生了一系列骇人听闻的杀戳事件，消息很快传遍了全世界，这一切都是由安布雷拉制药公司的秘密细菌实验所引起的，泄露的病毒在山区附近的浣熊市爆发，把这个宁静的小镇变成了一个人间地狱……在无可奈何之下，美国总统采取紧急措施，将整个浣熊市夷为平地。这次事件公诸于世后，美国政府宣布无限期冻结安布雷拉制药公司，随着股票的疯狂下跌，安布雷拉制药公司也在人们的预料之中破产了……

第一章
六年后，当年的生还者里昂（Leon）接受了总统直辖的秘密组织的特训，负责保护新任总统一家人的安全。在此之前，总统的女儿阿什莉（Ashley）却遭到不明人士的绑架，里昂不得不担负起寻找总统女儿的重任。根据情报部门的可靠消息，有人在欧洲的某个小村庄里见过一名与阿什莉长得很像的女孩，因此里昂奉命前往那个荒凉之地进行调查。
第一关
在当地警察的帮助之下，里昂乘坐警车前往那个偏僻的村庄。抵达村庄附近后，情报人员哈妮根（Hunnigan）用通讯器与里昂取得了联系，她将负责此次行动的指挥工作。说完，里昂向不远处的小屋走去，里面有一位年迈的村民，里昂掏出阿什莉的相片询问他是否见过，而对方似乎充满了敌意，拿起斧头直劈过来，里昂情急之下将其当场击毙。这时，屋外传来马达声，只见一辆卡车撞向警车，两辆车同时翻下了峡谷，而哈妮根也下达了命令，要求里昂立即进入村庄救出人质。之后，里昂爬上二楼破窗而出，沿着崎岖山道向村庄走去，途中救出一条被捕兽夹困住的小狗。
来到村外，里昂拿出望远镜观察村里的情况，看到一名警官被吊在村子里焚烧着，如此场面令里昂不敢贸然进村，只能从左侧的小道潜入，不过最后还是被村民发现。在众多村民的围追之下，里昂被迫逃进屋里（左侧有围栏那间），并用桌子堵住门口，但不肯善罢甘休的村民架起梯子试图从二楼爬进屋子，里昂则迅速跑上二楼拿起霰弹枪，将窗口的梯子推倒，并跃身而出，跳到空旷地带与众村民周旋着。没过多久，钟声突然响起，村民纷纷丢下手中的农具，像着了魔一样走进一所屋子里，惊魂未定的里昂只好拿出通讯器向哈妮根反映情况，哈妮根则要求他前往一座塔里寻找线索。
于是，里昂沿着钟楼旁的小道前进，经过农场，在穿越山间小道时遭到村民的落石袭击，幸亏他反应够机敏，躲开了巨石。来到废弃村落，里昂隐约听到某屋子里传来碰撞声，便开枪击锁，踹门而入，并在屋子的尽头处推开靠墙的书架，声音是从橱柜里发出的，里昂很谨慎地打开柜门，里面的一名黑发男子立即摔倒在地。这时，屋里出现了一名身材高大的男子，里昂蓄足力量一脚飞踹过去，不仅被对方单手接住，反而被对方重重地摔在地上，昏迷过去。
第二关
随后，昏迷中的里昂被一名神秘男子注射了奇怪的紫色药物，药物里含有一粒卵状物体。当里昂醒来后，发现自己与那名黑发男子背对背拷在一起，便顺便打听对方的情况，得知他叫路易斯，曾是一名马德里警察，同时还从他口中得知阿什莉被关在教堂里。当两人谈论起往事时，一名村民举着斧头冲了过来，斧头刚好砍断了他们的手铐，里昂随即飞起一脚将村民踢死，而路易斯则趁机逃走了。侥幸逃脱后，里昂将阿什莉的情况向哈妮根汇报，并打算回村庄寻找进入教堂的方法。
正当里昂准备离开时，窗外闪出一名蒙面男子，偷偷地喊他过来，而里昂也好奇地走到屋后，原来对方是一名军火贩卖商。走出大门，里昂发觉自己处于峡谷边上，他一边对付蜂拥而来的村民，一边寻找出路。在对面，一道坚固的铁门紧闭着，门上有一个六边形的凹槽，似乎需要镶入某些东西才能打开，里昂从左侧屋顶上（需要爬楼梯）和右侧山壁上的两个宝箱里找到两块石碑，把它们拼成一块六边形的石碑，再将其镶进凹槽内。穿过铁门，里昂闯进一间厂房，躲过众多村民的围攻，在尽头处破窗而逃，最后从水池旁的竖梯爬上地面。接着，里昂跑进前方的一间大屋里，转动门上的晶体（先左后右），把晶体图案调成与两边的相同，发现里面居然是村长的卧室，里昂从桌子上拿走一把钥匙便离开了，继续调查其他房间。
来到走廊，里昂闻声而去，没留意村长已经在身后，结果被村长单手掐住脖子，无力挣扎的他逐渐失去了意识，双眼也显露出奇怪的暗红色。这时，村长却出人意料地松开了手，告知里昂流着与他们一样的血，并警告他不要到处捣乱，否则后果很严重。
第三关
村长离开后，里昂的通讯器也响了，哈妮根已经查到绑架阿什莉的人属于一个名为“Los Illuminados”的邪教组织，她还提醒里昂尽快找到教堂。尽管如此，里昂对村长的那番话一直耿耿于怀，打算找村长问个清楚，可是刚走进卧室却被村长的一击重拳打倒在地。这时，窗外传来两声枪响，子弹直接击中村长背部，里昂向窗外望去，隐约看到一名红衣女子吊在窗外，而愤怒的村长则一头撞向红衣女子……
当里昂清醒后，下楼走出>