圣魔血、封魔十字弓等好东西。在20分钟之内返回地面，跟镇长交谈之后就可以回鲁那夫了。
回到鲁那夫，奇怪的是城里一个人也看不见，在王城会议室见到国王，原来国王已经知道了外世界还有人的事情。起因是达库尔寄来胁迫书，提到他们发现了外世界的生命并且掌握了核武器，要鲁那夫王国投降。向国王解释清楚后大家决定静观其变。而这时的达库尔国王为了实现称霸世界的野心，竟然用核武器向外世界展开了攻击，这一举动激怒了圣母，她立刻展开反击，一举粉碎了达库尔王国的军队。但是因为巨大的波动危及到了鲁那夫王国的多拉多港附近，国王委托菲利克斯前去调查，来到多拉多港后见到了一个硕大无比的怪兽，原来它是一直睡眠在多拉多港下面的魔兽，而现在被地震给弄醒了。打败魔兽后返回鲁那夫，没想到ZEX11790二人也赶到了这里，他们以为是鲁那夫向外世界发动攻击，大家一番解释总算得以澄清误会。由于圣母已经决定要毁灭理想国，所以ZEX11790二人这次也站在了我们这一边，他们用观察站的大炮对圣母所在的“方舟”展开攻击，但是并没有完全成功。ZEX11790返回观察站去准备下一次的攻击，国王让大家自由行动。（由于很快就要进行最后的决战了，现在是探索本游戏隐藏秘密的最后时机，笔者把总结出来的隐藏剧情都放在文章后面的附录里，有兴趣的朋友可以去完成。）
来到外世界的东观察站，圣母发出通告要毁灭理想国后重建，唯一的办法就是冲进方舟去阻止圣母。在出发之前ZEN27454告诉菲利克斯苏格亚提已经被达库尔国王害死，而达库尔也被圣母所毁灭，这是野心家应有的下场。从左边通道乘电梯上去，终于离开地球进入方舟内部。注意进入方舟后就不能拖延时间了，从现在开始到打倒圣母所使用的时间长短将会影响到游戏的两个结局，如果耗时超过一小时的话则可能出现世界毁灭的坏结局。
这里有很多传送点，终于被传送到了一个有纵横5x5个方格的地方，这是游戏的最后一个谜题，每一个方格都可以控制一个飘浮在断崖上的面板，我们要做的就是连接起左下角的面板到达另一边。注意每一竖排只能有一个方格处于开启状态，正确的方法是：第一排第四个，第二排第二个，第三排任意，第四排第二个，第五排第三个（参看图x）。离开这里后很快会遇到一个机甲守卫，打倒它之后就可以面对最后的圣母了。虽然圣母表示可以留下菲利克斯等六人来做最后的人种，但是大家并不答应，圣母一怒之下展开了攻击。这是最艰苦的一场战斗，注意要先把周围的小敌人打死再攻击圣母，胜利之后有15分钟来逃离“方舟”，游戏到此结束。

附录

在游戏后期得到飞行器之后就可以在地图上自由活动了，我们可以发现许多隐藏的秘密……

特殊宝物：
得到圣池之钥后一定要返回前面很多地点去开启以前打不开的宝箱，有很多好东西哦！
在亚德斯王城克莱尔的卧室里可以找到圣轮王刺枪-克莱尔的究极装备。
在反古文明基地里可以找到铲子和权天使像。
在月瀑布可以找到金箍棒和大魔晶球。
鲁那夫王宫地下研究所里可以找到大天使像。

令魔：

    在地图下方海里有六块分开的小陆地，最右边那块上发出光亮，下去探查后风卷怪出现，他会在这六块陆地上跟我们捉迷藏，只要摸清他的行动规律，在他要出现的下一块陆地上去捉他，成功之后可以把他收作令魔。
得到7颗星月石后去沃克山脉星月教总坛，在那个大坑处土巨人会出现，打败他后可以收作令魔。
在天刚山道，进入天刚镇之前有一个有三个宝箱的地方，在这里会遇到雷兽，打败它后可以收作令魔。
游戏后期去幽暗树海边的沃克镇，居则不拉文说他的主人已经回来了，进去拜访的话可以得到令魔战神奥丁。
游戏后期去里斯港和居民们对话，然后来到上方的沙漠里，在此遇到炎砂鱼并将其打败，就可以收其作令魔。
得到生命时钟后去尼克镇找一个怪怪的老头，他就是拉尔镇琼丝要找的阿尔班尼士，他因为中了衰老魔法所以变成这样，用生命时钟把他治好后他会返回拉尔镇。接下来去拉尔镇二楼找他，他会告诉我们如果有五颗极冰石的话就可以找到冰雪女神。依言去沃克隧道最深处找到冰雪女神蕾娣雅丝，打败她收作令魔。
在外世界左上方的小岛上方，苍鲸号探测到有磁能反映，下去后会遇到太阳王之魂，打败她后收太阳王赫莉欧丝作令魔，并得到天之光战鞋和战甲。（这个情节发生的条件是必须已经有了全套太阳王装备！）
在得到太阳王圣剑的前提下重返月之瀑布，和守护者对话后去上方凸出的那一长条陆地，会出现是否将太阳王圣剑献给月女神的选项。选择是，在离开月之瀑布时月女神阿特密丝就会出现并加入我方成为令魔。
在外世界右下方的神之岛上，如果收集齐了全部的九个天使像还会得到游戏中>