雅，加深两国人们对西班牙的仇恨。杏太郎听的毛骨悚然，政治阴谋太可怕了。
    到南特附近水域，海盗在攻击一只舰队，竟然是克丽雅的船。海盗挂上了西班牙的旗帜，奉命杀死克丽雅。在这个时候，克利福德的舰队出现，他是来救克丽雅的。英国海军另外一个提督史特科一直在海盗身后观战，看见克利福德来到，害怕暴露真相，准备消灭克利福德。克利福德大吃一惊，还好杏太郎出手相助，打败史特科舰队后，克利福德也从着火的船中救出了克丽雅。两人依依不舍，但是为了英国的未来，为了祖国，克丽雅必须下嫁法国。克利福德缠绵结束后，出来感谢杏太郎，他大概也明白了事情的原委，也发誓要把自己的地位提高，随后他把神秘小物品“老旧的羊皮纸”送给了杏太郎。
    南特的港口，林森和杏太郎“红色的染料”倒在“老旧的羊皮纸”上，果然得到了北海的霸者之证地图“泰勒斯的纸地图”，找到霸者之证“哈而舒塔的贡品车”。

新大陆：
    到哈瓦那，开始寻找赛西利雅的父亲。赛西利雅的母亲说是在一个值得信赖的人哪里，是谁呢？现在新大陆的形势，埃斯康特在新大陆本土扩张，玛尔德纳德名义是古巴总督代办，其实是一名海盗，他在加勒比海的岛屿上扩张。同时，一位勇敢的带有印加血统女孩恰斯卡率领着昆延韦拉斯，不过据说也是埃斯康特的部下。赛西利雅猜测其父亲可能正是在给他刀靴的那个部落头领那里，部落是一个属于前印加帝国的后代。现在杏太郎等没有办法，于是决定先收集情报。
    到了委拉克路斯酒馆中，看见了埃斯康特正在和其手下布兰科对话，他们正在议论恰斯卡，说不应该给他舰队。又说到了赛西利雅父亲的事情，看样子，他们也是不知道的。杏太郎认为应该去找恰斯卡，从印加帝国开始寻找。
    到了美利达，看见西班牙统治者压榨当地的印加居民，让他们到矿山干活，过着生不如死的日子。同时找到了恰斯卡，但是没有说到正题，她就离开了。
    在特卢西优的酒馆，老板认出了“太阳图纹刀靴”，说这正是印加祭祀的产物。
    在波多韦罗，恰斯卡亲自来找你，她想联合你共同对付埃斯康特。她利用埃斯康特的资金筹划了舰队，表面遵从埃斯康特的命令切断玛尔德纳德的资金来源，暗中积累实力，想解放当地受压迫的同胞。杏太郎接受同盟的建议，打听赛西利雅的父亲，恰斯卡说他在安第斯内陆研究草药，恰斯卡愿意帮助赛西利雅联系其父亲。
    打败埃斯康特后。回到波多韦罗，恰斯卡已经把赛西利雅的父亲找到了，父女相见，格外激动。恰斯卡问杏太郎来新大陆的目的，当得知并不是为了个人野心后，盛情邀请杏太郎去参加他们光复国家的盛大祭祀。在旅馆，晚上，赛西利雅的父亲来找到杏太郎，说到了霸者之证的事情。新大陆的霸者之证的线索就在波多韦罗的遗迹马丘比丘之中，但是有一个谜语，谁也解不开，得知杏太郎是东亚霸者之证的继承人，认为可能有天赋去完成这个使命。参加祭祀，发生马丘比丘事件[ALi:PAGE]后，得到“典礼用的小刀”。
    在码头，把“典礼用的小刀”放入“太阳图纹刀靴”中，得到了新大陆霸者之证地图“比塔科史的刀刃地图”。然后去找到霸者之证“契幕的斧头”。
    现在可以回到地中海了。

地中海：
    回到里斯本，赛西利雅一家团聚！杏太郎问塞西利亚的母亲霸者之证秘密研究出来没有？阿博科鲁克突然告诉杏太郎，霸者之证已经不再葡萄牙了，他交给了巴鲁迪斯。原来巴鲁迪斯威胁葡萄牙不交出霸者之证就要开战，葡萄牙根本没有实力和西班牙一战，为了葡萄牙和其王室，阿博科鲁克不得不这么作。塞西利亚的母亲并不知道这件事，但是她仍然非常责怪自己。杏太郎听完阿博科鲁克的话后，决定向巴鲁迪斯宣战，阿博科鲁克向杏太郎道歉，同时敬佩杏太郎的勇气！
    在里斯本港口，在战斗即将开始的前夕，杏太郎唱起了歌，他的歌声使水手们鼓舞！赛西利雅来到杏太郎的身边：“我喜欢，我好喜欢杏太郎。”出港吧，战斗吧！在塞维利亚，巴鲁迪斯同时准备向杏太郎开战，无敌舰队向里斯本海域驶来。一场艰苦的战斗，玩家一共需要击败4支舰队，一次打不赢，那就逃跑，重整旗鼓再回里斯本消灭其舰队。把西班牙无敌舰队消灭了，夺回全部霸者之证，并且得到了神秘>